Das 1893 gegründete Museum hat seine Anfänge in der Gründung des „Vereins für die Geschichte und Altertumskunde in Bernburg“. Diese Vereinigung machte es sich zur Aufgabe, archäologische Sammlungsstücke zu finden und zu bewahren. So erhielten die Sammlungsstücke eigene Räumlichkeiten im Stadthaus. Zudem wurden die Bestände stetig erweitert.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die Sammlungsstücke nach und nach in das Schlossmuseum Bernburg überführt, wo sie sich bis heute befinden. Das Museum umfasst inzwischen eine umfangreiche Ausstellung zur Gegenwartskunst aus dem mitteldeutschen Raum.